Jonathan Tah a commencé sa carrière professionnelle de la Hamburger SV Academy alors qu’il n’avait que 13 ans. Ses débuts dans la première équipe ont eu lieu à l’âge de 17 ans, 5 mois et 23 jours.
Il a enregistré l’histoire comme le plus jeune débutant de l’histoire du club à l’époque. Après 20 apparitions, il a été prêté à Fortuna Dusseldorf pour une saison.
Tah s’est ensuite rapproché de Bayer Leverkusen lors de la saison 2015/2016. Là, il s’est transformé en un acteur de base avec un total de 402 apparitions, a marqué 18 buts et 13 passes décisives.
Il a également présenté les titres Bundesliga, DFB Pokal et Supercup pour Leverkusen au cours de la saison 2023/2024. Tah est devenu le finaliste de Bundesliga au cours de la saison 2024/2025 avant de finalement partir.